Vì có tư tưởng chống Pháp, vua Hàm Nghi, cùng với các vua Thành Thái, Duy Tân, được xem là 3 vị vua yêu nước của Việt Nam thời Pháp thuộc. Đến thời điểm tháng 5 năm 2014, hài cốt vua Hàm Nghi ở làng Thonac (Pháp). Năm 2009, bài vị và di ảnh vua Hàm Nghi được hội đồng Nguyễn Phúc tộc đưa về thờ tại Thế Tổ Miếu (Hoàng thành Huế).

Niên hiệu của ông (Hàm Nghi) được đặt cho một con đường trung tâm ở Quận 1, Thành phố Hồ Chí Minh. Tại Hà Nội có đường Hàm Nghi thuộc phường Mỹ Đình 1, quận Nam Từ Liêm. Tại thành phố Hải Phòng có đường Hàm Nghi ở phường Trại Chuối, quận Hồng Bàng. Tại Đà Nẵng có đường Hàm Nghi ở quận Thanh Khê. Tại thành phố Huế có đường Hàm Nghi ở phường Phước Vĩnh. Tại thành phố Móng Cái, phố Hàm Nghi kéo dài từ phố Duy Tân đến phố Trần Nhật Duật. Tại thành phố Thanh Hoá đường Hàm Nghi kéo dài suốt trục đường chính của phường Đông Hương. Và tất cả các tỉnh thành đều có tên đường Hàm Nghi.

Năm 1955, trường Trung học Thành Nội được dời về trường Quốc Tử Giám triều Nguyễn ở Huế và đổi tên thành trường Trung học Hàm Nghi. Trường bị giải thể năm 1975 để rồi 30 năm sau vào ngày 4 tháng 9 năm 2005 ngôi trường này chính thức được khai giảng trở lại với sự đóng góp rất lớn của cựu học sinh Trường Hàm Nghi trước 1975. Tại thành phố Đà Nẵng có trường Tiểu học Hàm Nghi và tại quận Tân Phú, Thành phố Hồ Chí Minh có trường Trung học Hàm Nghi. Thành phố Huế có trường Trung học Hàm Nghi.